La dirección superior de ASMAR corresponde al Consejo Superior, de acuerdo a lo establecido en el Artículo 9 de la Ley de ASMAR. Sus principales funciones, entre otras, son: aprobar el Plan General de Trabajos, el Plan de Inversiones y el proyecto de presupuesto anual, de conformidad con las normas legales vigentes. Aprobar las disposiciones generales para la organización y desarrollo de las actividades industriales y administrativas de ASMAR, dictar normas e instrucciones para la celebración de actos y contratos destinados a cumplir los fines de ASMAR, y pronunciarse sobre el Balance Anual del Fondo Industrial Naval y del balance anual de la actividad comercial de ASMAR.
De acuerdo con el Artículo 11 de la Ley Orgánica de ASMAR, el Ministro de Defensa Nacional y el Comandante en Jefe de la Armada, cuando lo estimen conveniente, podrán integrar el Consejo, con derecho a voz y voto, en cuyo caso presidirán la sesión, según el orden de precedencia que corresponda.
El Consejo Superior, en la actualidad, se encuentra conformado por: